U některých lidí vzácněji dochází k nepříjemným reakcím po požití lepku, aniž by bylo přítomno typické autoimunitní poškození sliznice tenkého střeva. V tomto případě se tedy nejedná o celiakii, ale o alergii. Reakce na lepek bývá rychlá. Klinické projevy jsou nejčastěji vázány na trávicí ústrojí: nevolnost, křeče, nadýmání, průjem, ale mohou se objevit i kožní či dýchací projevy. K odstranění potíží je třeba vyloučit lepek ze stravy. Zda se jedná o alergii na lepek, nebo o celiakii, musí vždy rozhodnout lékař, a to ještě před nasazením diety.