Celiakie je onemocnění geneticky vázané; hlavním genetickým rizikovým faktorem je přítomnost genů HLA DQ2, resp. HLA DQ8. Jde o geny kódující tzv. HLA antigeny II. třídy (HLA je zkratka pro Human Leukocyte Antigen, což jsou bílkovinné struktury na povrchu lidských bílých krvinek, které se podílejí na obranyschopnosti, na rozpoznávání tělu cizorodých látek). Právě podtyp HLA DQ2 a HLA DQ8 je rizikový pro rozvoj celiakie.

V současné době je možné genetické riziko celiakie vyšetřit, avšak přítomnost uvedených rizikových genů neznamená automaticky diagnózu celiakie. Uvedené rizikové geny jsou totiž velmi často zastoupeny (cca ve 35 - 40%) v evropské populaci a je odhadováno, že pouze 2 - 3% nositelů těchto genů onemocní celiakií.

K rozvoji celiakie je kromě genetického pozadí (na kterém se však vedle zmíněných HLA genů podílí i řada dalších tzv. non-HLA genů) nutná konzumace lepku a přítomnost řady vyvolávajících faktorů (jako jsou například infekce, stres).

Strava obsahující lepek u disponovaných jedinců nemusí způsobovat pouze celiakii, ale i další onemocnění. V současnosti ke spektru chorob vyvolaných lepkem vedle celiakie patří i alergie na lepek (alergie na pšenici) a tzv. neceliakální glutenová senzitivita.